Начиная с версии 3.0.74 можно контролировать безопасную долю вычетов НДС. Как это сделать, смотрите в видеоуроке экспертов 1С. Видеоролик выполнен в программе «1С:Бухгалтерия 8» версия 3.0.74.51. Подробнее с этим вопросом можно ознакомиться на сайте