В «1С:Бухгалтерии 8» начиная с версии 3.0.73 при переходе на раздельный учет НДС больше не нужно вводить остатки вручную. Вся необходимая информация вводится в документы по вводу остатков автоматически в момент включения соответствующей настройки. Как перейти на раздельный учет, смотрите в этом видеоуроке экспертов 1С.
Видеоролик выполнен в программе «1С:Бухгалтерия 8» версия 3.0.74.51. Подробнее с эти вопросом можно ознакомиться на сайте БУХ.1С